03.04.04
3. "Краснодар-2000" Краснодар - "Дружба" Майкоп, 1-0 (0-0)
Гол - Дорохин 116
Нереал. пен. - Мандрыгин(К) 51 (вратарь)

13.04.04
4."Витязь" Крымск - "Славянск" Славянск-на-Кубани, 2-1 (1-0)
Голы: Михитарьянц 19, Семак 56 - Копилов 73

13.04.04
5. "Динамо" Ставрополь - "Кавказтрансгаз" Изобильный, 0-2 (0-0)
Голы: Алидибиров 65, Левшин 85

13.04.04
6. "Волгарь-Газпром" Астрахань - "Судостроитель" Астрахань, 1-0 (0-0, 0-0)
Гол - Степин 91

13.04.04
7. "Ангушт" Назрань - "Автодор" Владикавказ, 2-1 (1-1)
Голы: Зангиев 30, Басханов 118 - Касаев 32

13.04.04
8. "Ротор-2" Волгоград - "Торпедо" Волжский, 1-4 (1-1)
Голы: Омельченко 20 - Артемов 30, Пугачев 47, Смирнов 73, Мхитарян 86

13.04.04
9. "Текстильщик" Камышин - "Олимпия" Волгоград, 0-3 (0-1)
Голы: Смуров 44, Жданов 58, Смуров 60

30.04.04
16. "Энергетик" Урень - "Динамо" Киров, 1-0 (0-0)
Гол - Федин 52

30.04.04
17. "Электроника" Нижний Новгород - "Локомотив-НН" Нижний Новгород, 2-0 (1-0)
Голы: Хадаркевич 45, Боровиков 48

30.04.04
18. "Алнас" Альметьевск - "Волга" Ульяновск, 0-1 (0-0, 0-0, доп.вр. 0-1),
Гол - Лапшин 102

30.04.04
19. "Рубин-2" Казань - "Лада" Тольятти, 1-0 (1-0)
Голы - Куканос 15

30.04.04
20. "Газовик" Оренбург - "Носта" Новотроицк, 1-1 (1-1, 0-0, доп. вр. 0-0. по пен. 1-4)
Голы: Панов 23 - Каштанов 11

30.04.04
21. "Нефтяник" Уфа - "Содовик" Стерлитамак, 1-2 (0-0)
Голы: Лукманов 90 - Зернов 67, Царенко 88

30.04.04
22. "Лукойл" Челябинск - "Зенит" Челябинск, 1-0 (0-0)
Гол - Бабаян 81

30.04.04
23. "Тобол" Курган - "Урал" Свердловская область, г.Екатеринбург, 0-3 (0-3)
Голы: Аверьянов 1, Марков 35, Малыгин 38

29.04.04
24. "Чкаловец-1936" Новосибирск - "Иртыш" Омск, 1-1 (1-0, 0-1, доп. вр. 0-0, 3-4 по пен.)
Голы: Иванов 45 - Никитенко 56

29.04.04
25. "Смена" Комсомольск-на-Амуре - "Океан" Находка, 1-1 (3-5 по пен.)
Голы: Димидко 45 - Русинов 52

02.05.04
26."Спортакадемклуб" Москва - "Петротрест" Санкт-Петербург, 1-0 (0-0)
Гол - Журавлев 83

02.05.04
28. "Псков-2000" Псков - "БСК" пос. Спирово, 0-1 (0-0)
Гол - Гринев 82

02.05.04
29. "Волочанин-Ратмир" Вышний Волочек - "Алмаз" Москва, 2-0 (1-0)
Голы: Айдемиров 18, Навоченко 49-автогол

02.05.04
30. "Динамо" Вологда - "Северсталь" Череповец, 1-1 (0-0, 1-1, доп. вр. 2-0)
Голы: Калинин 48-пен, 93, 110-пен - Недобежков 53

02.05.04
31. "Спартак" Кострома - "Текстильщик-Телеком" Иваново, 2-0 (0-0)
Голы: Потапов 55, Сабля 71-пен

02.05.04
32. "Торпедо" Владимир - "Реутов" Реутов, 0-2 (0-0)
Голы: Джубанов 85, Мамутов 90

02.05.04
33. "Спартак" Щелково - "Видное" Видное, 0-1 (0-0)
Голы: Файзулин 53

02.05.04
34. "Локомотив" Калуга - "Лобня-Алла" Лобня, 0-1 (0-0)
Голы: Кочарыгин 76

02.05.04
35. "Витязь" Подольск - "Титан" Москва, 2-0 (1-0)
Голы: Храпов 20, Коротков 86-пен
Нереал. пен. - Григорян(Т) 22 (вратарь)

02.05.04
36. "Сатурн" Егорьевск - "Биохимик-Мордовия" Саранск, 0-1 (0-1)
Гол - Ивлев 42

02.05.04
37. "Дон" Новомосковск - "Спартак" Луховицы, 0-0 (0-0, 0-0, доп.вр. 0-0, по пен. 8-7)

02.05.04
38. "Авангард" Курск - "Салют-Энергия" Белгород, 1-1 (0-1, 1-0, доп.вр. 0-0, по пен. 5-4)
Голы: Калашников 83 - Жуков 19
Нереал. пен. - Позняков(А) 12 (вратарь)

02.05.04
39. "Елец" Елец - "Факел" Воронеж, 2-1 (2-0)
Голы: Осокин 25, Гревцев 27 - Дегтярев 75

02.05.04
40. "Спартак" Тамбов - "Рязань-Агрокомплект" Рязань, 1-0 (0-0)
Гол - Сигачев 78

02.05.04
41. "Зенит" Пенза - "Искра" Энгельс, 3-0 (3-0)
Голы: Федосеев 11, Гришин 23, Федосеев 24